Sysmäjärven Natura 2000 -alue (FI0700001 (SPA)) sijaitsee Pohjois-Karjalassa Liperin kunnan ja Outokummun kaupungin alueella. Natura 2000 -alue on laajuudeltaan 734 hehtaaria. Pääosa Natura 2000 -alueesta on toteutettu luonnonsuojelulailla perustamalla alueelle yksityisomistuksessa olevia suojelualueita, valtion omistuksessa on vain noin 9 ha ja loput on toteutettu vesilailla. Matala ja rehevä järvi on Pohjois-Karjalan arvokkaimpia lintuvesiä.

Sysmäjärven linnustoa on kartoitettu useaan otteeseen 1970-luvulta lähtien. Kesällä 2005 suoritetussa kartoituksessa havaittiin 13 pesivää vesilintulajia, pesiviä varpuslintulajeja tavattiin 42 lajia ja muita lajeja (haikarat, kahlaajat, petolinnut) 24 lajia. Suojeluarvoiltaan arvokkaimmat alueelta tavattavat lajit ovat kaulushaikara, laulujoutsen ja ruskosuohaukka. Sysmäjärvi on myös merkittävä muutonaikainen levähdysalue. Sysmäjärvi on yksi Pohjois-Karjalan tärkeimmistä lintuharrastuskohteista. Sysmäjärvellä on lintutornit Jakaranlahdessa sekä Lahdenjoensuussa.

Sysmäjärven kunnostustoimet aloitettiin vuonna 2006 Euroopan unionin EAKR-rahoituksen turvin. Lintuvesien kunnostustoimina Sysmäjärvellä on toteutettu vesikasvillisuuden poistoa, rantaniittyjen kunnostusta ja hoitoa, pesimäsaarekkeiden rakentamista sekä pienpetopyyntiä.