Vattenståndsregleringen i Malax å (F 500 km2, MQ 4,0 m3/s) utfördes åren 1999-2003. Arbetet omfattade rensning av ån, byggande av bottendammar och muddring av båtfarleder i havet utanför ån. Avsikten med arbetena var att minska de årligen återkommande översvämningarna i åns övre lopp. Sammanlagt avlägsnades 156 000 m3 massor ur ån och drygt 14 000 m3 muddrades i åns mynningsområde. Rensningsmassorna deponerades på vardera sidan om ån eller transporterades till speciella deponeringsområden. I Västra Finlands vattendomstols tillståndsvillkor förutsattes att man undersöker på vilket sätt vattenbyggnadsarbetena påverkar vattenkvaliteten, fiskbeståndet och fisket. Även bottendjuren, vegetationen och sedimentets sammansättning undersöktes. Undersökningarna görs i fem år efter att vattendragsarbetena har blivit klara. I den här rapporten behandlas de undersökningsresultat som insamlats åren 1997-2003.

Vattenkvaliteten i Malax å är dålig. Vattnet är tidvis mycket surt och metallhalterna är mycket höga, vilket medför att fisken tidvis försvinner från området eller till och med dör. Vattnet i ån är mörk-brunt och mycket näringsrikt. Utflödet från ån påverkar i hög grad vattenkvaliteten utanför åns utlopp och havsvattnets näringsämneshalter ökar medan elledningsförmågan sjunker samtidigt som åvattnets surhet gör att surhetsbelastningen ökar. Vattnets grumlighet och kvävehalter ökade under muddringstiden. Växtligheten i Malax å har förändrats efter vattendragsarbetena. Den största förändringen har skett i vattenväxtligheten, där gul näckros och sjöfräken har minskat kraftigt.

Abborre, mört och gädda vandrar om vårarna från havet upp i Malax å och dess biflöden för att leka. Vattendragsarbetena har inte fram till det år då arbetena färdigställdes haft några tydliga effekter på fiskvandringen. I de fiskyngelundersökningar som gjordes i ån fick man yngel av abborre, mört, gädda, löja, gärs och braxen. Fram till det år som vattendragsarbetena blev klara kunde man inte se några tydliga samband med yngelförekomsten. Rensningen har dock medfört att potentiella reproduktionsområden har gått förlorade i de partier av ån, som åtgärdats. I mynningsområdet fick man yngel av sik, nors och strömming. De viktigaste fångstarterna för yrkesfiskarna i havsområdet var år 2003 strömming, sik, gädda och abborre. På basis av förändringarna i enhetsfångsterna och utgående från fiskarnas uppskattningar hade abborr- och mörtbestånden förbättrats i havsområdet jämfört med resultaten från fiskeförfrågningen år 1998.