Syövän kehittymiseen liittyy geneettiset muutokset useissa solun kasvuun, jakautumiseen tai kuolemaan liittyvissä geeneissä. Näissä syöpään liittyvissä geeneissä mutaatiot aiheuttavat muutoksia geenin aktiivisuudessa syöpäsoluissa. Sekä mutaatioita että geenien aktiivisuuksia voidaan mitata geenisiruilla. Näiden kopioluku- ja ilmentymämittausten avulla voidaan etsiä syöpään liittyviä geenejä.

Tässä työssä tutkittiin todennäköisyysperusteiseen kanoniseen korrelaatioanalyysiin perustuvien riippuvuusmallien käyttämistä syöpägeenien etsimisessä. Tässä menetelmässä etsintä tehdään tutkimalla kopioluku- ja ilmentymämittauksien yhteyksiä riippuvuusmalleilla kunkin geenin ympäristössä. Nämä riippuvuusmallit mahdollistavat myös etukäteistiedon hyväksikäytön rajoittamalla tutkittava riippuvuutta. Syöpägeenien etsinnässä voidaan käyttää etukäteistietona syöpägeeneihin liittyvän kopioluku- ja ilmentymämuutoksien paikkariippuvuutta. Tällä rajoitettiin menetelmän etsimä riippuvuus vain saman geenin mittausten välille. Tämä pienensi pienestä näytemäärästä johtuvaa mallin ylisovitusta. Rajoitettujen riippuvuusmallien käyttö paransi menetelmän toimivuutta selkeästi. Menetelmän todettiin toimivan parhaiten sallimalla pieni vapaus rajoitukselle. Työssä toteutettiin avoimen lähdekoodin sovellus syöpägeenien etsimiseen riippuvuusmalleilla.

Menetelmän toimivuutta verrattiin muihin ilmentymä- ja kopiolukumittausten riippuvuuksien tutkimiseen tarkoitettuihin menetelmiin. Rajoitettuihin riippuvuusmalleihin perustuvan menetelmän todettiin toimivan paljon paremmin syöpägeenien etsinnässä kuin muut verratut menetelmät. Tässä työssä toteutettu menetelmä on saatujen tulosten perusteella paras menetelmä syöpägeenien etsinnässä kopioluku- ja ilmentymämittauksilla.