Niilo Mäki Instituutin keskeisenä tehtävänä on lasten oppimisvaikeuksien ja kehityksen erityishäiriöiden tutkimus ja niihin liittyvän arvioinnin ja avopalveluina toteutettavien kuntoutusmenetelmien kehittäminen ja kokeileminen, sekä alan asiantuntijoiden täydennyskoulutus.