Kyrönjoen yläosan tulvasuojeluhankkeen eri osille on useita lupapäätöksiä, joissa luvanhaltijana on valtio. Lupapäätöksissä on velvoite tarkkailla Kyrönjokeen johdettavien kuivatusvesien määrää ja laatua sekä rakentamisen ja pengerryspumppaamojen käytön vaikutusta Kyrönjoen tilaan. Lisäksi on tarkkailtava mm. vaikutuksia Kyrönjoen ja sen alapuolisen merialueen kala-, rapu- ja nahkiaiskantoihin ja kalastukseen sekä kalannousuun Malkakoskessa. Tämä on vuosiraportti vuoden 2016 tarkkailutuloksista.

Kyrönjoessa ei esiintynyt happamuusongelmia vuonna 2016, mikä on melko harvinaista. Pengerpumppaamojen kautta Kyrönjokeen johdetut kuivatusvedet olivat kuitenkin erittäin happamia ainakin ajoittain. Malkakosken padon yläpuolisella suvanto-osuudella happipitoisuudet olivat elokuussa 2016 melko tavanomaisia Malkakosken padon valmistumisen eli vuoden 2003 jälkeiselle ajalle. Fosforipitoisuudet olivat Pitkämössä hyvin suuret ja selvästi suuremmat kuin muilla tekojärvillä kevättalvella ja loppukesällä. Elokuussa fosfaattipitoisuus oli Pitkämön pohjalla suurempi kuin pinnassa, joten fosforia ilmeisesti vapautui pohjalta hapettomien olojen vuoksi. Ammoniumtyppipitoisuudet olivat Pitkämössä elokuussa pohjan tuntumassa yli kolminkertaiset pintaan nähden, mikä ilmeisesti myös johtui vähähappisuudesta.

Vuoden 2016 poikasnuottauksissa ahventa saatiin tavanomaista runsaammin Kylänpäästä, Kitinojalta ja Österfjärdeniltä. Österfjärdenillä yksikesäisen särjen yksikkösaalis vuonna 2016 oli suurempi kuin millään paikalla noin 20-vuotisen tarkkailun aikana. Poikasnuottauksissa Österfjärdenin kokonaisyksikkösaalis on ollut vuotta 2016 suurempi vain vuonna 1999. Sähkökalastuksissa vuonna 2016 kivennuoliaisen yksikkösaaliit olivat Voitilankoskella kohtalaisen suuria jo toisena vuotena peräkkäin, kun taas Koskenkorvan padon alapuolella ja Perttilänkoskella kivennuoliaistiheys on ollut viime vuosina pienempi kuin aiemmin. Koeverkkosaalis oli Kylänpäässä poikkeuksellisen suuri vuonna 2016 muun muassa siksi, että massamääräiset ahven- ja kuhasaaliit olivat Kylänpäässä suurempia kuin millään paikalla 21 vuoden aikana. Kyrönjoen vaellussiian kutunousutarkkailu jäi useiden edellisvuosien tapaan lyhytkestoiseksi sääolojen vuoksi, mutta saaliiksi saatiin 51 siikaa. Koeravustuksissa ei saatu lainkaan rapuja. Syksyllä 2016 kudulle nousseiden nahkiaisten kokonais- ja yksikkösaaliit olivat pienempiä kuin kertaakaan aiemmin ilmeisesti veden vähyyden takia. Edellisinä vuosina kuoriutuneiden nahkiaistoukkien esiintymistiheys tutkituilla alueilla oli yhteensä 1,9 kpl/m².