Kyrönjoen kasvillisuuskartoitus tehtiin vuonna 2012 samalla menetelmällä kuin vuonna 2009. Kasvillisuuskartoitusta varten Ilmajoella sijaitsevan Koskenkorvan padon ja Seinäjoen Ylistarossa sijaitsevan Malkakosken padon välinen Kyrönjoki jaettiin kolmeen osa-alueeseen: 1) Koskenkorvan pato - Nikkolan silta, 2) Nikkolan silta - Munakan rautatiesilta ja 3) Munakan rautatiesilta - Malkakoski. Kullekin osa-alueelle sijoitettiin 10 kartoituslinjaa ja yksi koeala. Vuonna 2009 tehdyn kartoituksen perusteella arvioitiin, että Malkakosken yläpuolella olevan alueen ranta- ja vesikasvilajisto ei ollut vielä vakiintunut 1990- ja 2000-lukujen pengerrysten ja perkausten jälkeen. Tarkkailusuunnitelman mukaan tilannetta oli määrä tarkastella vuonna 2012, ja jos tilanne ei ole silloin vakiintunut, kartoitus uusitaan vuonna 2016.

Osa-alueiden 1 ja 2 yhden metrin levyisillä rantalinjoilla oli lähestulkoon sama määrä lajeja tai sukuja, mutta Malkakosken läheisellä osa-alueella 3 niitä oli merkittävästi enemmän eli tilanne oli samankaltainen kuin vuonna 2009. Tiettyjä piennarlajeja havaittiin vuonna 2012 ainoastaan Munakan ja Kitinojan siltojen välisellä alueella. Kyseiset lajit esiintyivätkin rantalinjan yläosassa, missä oli varjostuksen puutteen ja niiton takia varsin kuivaa ja paahteista. Malkakosken läheisen osa-alueen 3 muita suurempi rantalinjoilla esiintyneiden kasvien lajimäärä selittyi ainakin osin penkereiden hoidolla. Koska penkereiden käsittely jatkuu entisenlaisena, osa-alueella 3 rantalinjalajien lukumäärä tulee luultavasti pysymään suurempana kuin muualla. Rantalinjalajien kartoitusta ei olekaan perusteltua jatkaa.

Vedessä kasvaneista lajeista havaittiin, että lajimäärä oli niukkaa osa-alueella 2, vesitatar oli yleinen osa-alueilla 2 ja 3 ja leveäosmankäämi oli yleinen osa-alueella 3. Lajien niukkuuteen osa-alueella 2 ovat vaikuttaneet 1980-luvulla tapahtuneet perkaukset ja pengerrykset sekä Malkakosken aiheuttama vedenpinnan nosto 2000-luvun alussa. Vesistötyöt ovat voineet aiheuttaa vesitattaren ja leveäosmankäämin runsauden osa-alueella 3. Ulpukka on kärsinyt vesistötöistä osa-alueilla 2 ja 3. Ulpukka on mahdollisesti hitaasti palaamassa osa-alueelle 3, mutta kasvustot ovat kuitenkin toistaiseksi olleet varsin kapeita. Kaikkien vesikasvilajien kasvustojen leveys suhteutettuna jokiuoman leveyteen oli niukasti suurin osa-alueella 1, kun taas osa-alueet 2 ja 3 eivät eronneet toisistaan. Vesikasvillisuudessa tapahtuvaa kehitystä olisi aiheellista jatkaa, jotta nähtäisiin muun muassa runsastuuko ulpukka, joka on tärkeä kalanpoikasille suojaa ja ravintoa tarjoavana peittävänä lajina.