Puutamaaneja on vaikea tutkia ja tunnistaa. Vaarana onkin, ettei kaikkia lajeja ehditä tunnistamaan, ennen kuin ne kuolevat sukupuuttoon. Projektin toimeksiantaja on Helsingin yliopiston Biotekniikan instituutti. Projekti tehtiin DNA-sekvensointi- ja genomiikkalaboratoriossa Viikin kampuksella. Työ toteutettiin yhteistyössä väitöskirjatutkija Hanna Rostin kanssa. Rosti toivoi, että projektista saatua tietoa voisi käyttää tamaanien suojelussa. Työn tavoitteena oli tuottaa sekvensoitavaa DNA:ta ja kerätä siitä laadullista tietoa.

Työssä eristettiin DNA:ta tamaanien uloste- ja nahkanäytteistä. DNA:sta monistettiin 16S-rDNA-geenit ja mitokondriaalista DNA:ta uloste- ja nahkanäytteistä spesifisillä alukkeilla käyttäen PCR-tekniikkaa. Työn monissa vaiheissa DNA:sta kerättiin laadullista tietoa konsentraatiosta, puhtaudesta ja fragmenttien koosta. Isäntä-DNA:sta ja nahkanäytteistä monistettiin mitokondriaalista DNA:ta PCR-tekniikalla pitkillä ja lyhyil- lä alukkeilla. Ulostenäytteistä eristetystä DNA:sta monistettiin 16S-rDNA-geeni kaksi- vaiheisella PCR-ohjelmalla.

Kokonais-DNA:n eristyksistä saadut DNA-pitoisuudet olivat todella vaihtelevia noin 30 - 3 200 ng/µl. Molempien kokonais-DNA:n eristyksien DNA:n puhtaus oli (A260/ A280) suhdelukuna 1,8 - 2.0. Isäntä-DNA:n konsentraatiot olivat välillä 1,3 - 3.1 ng/µl. Nahkanäytteistä saatiin eristettyä DNA:ta 0,4 - 50 ng/µl. 16S-rDNA PCR-tuotteiden geelianalyysi onnistui ja tuotteet olivat noin 600 emäsparin kokoisia, eikä geelikuvassa näkynyt kontaminantteja tai alukkeiden jäämiä. Kaikkia sekvensointeja ei ollut ehditty analysoimaan. Yleisesti sekvensointidataa on saatu sekvensointiajoista, mutta analysoiduissa sekvensseissä oli päällekkäisyyksiä ja sekvenssien laatu oli vaihtelevaa. Kaikista näytteistä onnistuttiin eristämään DNA:ta, mutta joistakin näytteistä saatiin selvästi vähemmän DNA:ta kuin toisista. PCR-reaktioiden optimointia tulisi harkita, niin sekvenssien ja fragmenttianalyysien laatu paranisi.