Aivojen magneettikuvaus (MK) osoittaa MS-taudin aktiivisuuden herkemmin kuin kliiniset relapsit, minkä vuoksi hoidossa käytettävän immunologisen hoitovasteen arvion tulee perustua kliiniseen taudinkuvaan ja aivojen kuvantamiseen. MK-seurantaan tarvitaan T2-, flair- ja T1-painotteiset kuvat, gadolinium-tehostaminen ja atrofian arviointi. Ensilinjan immunologisessa hoidossa ensimmäinen MK otetaan 6-12 kuukauden kuluttua lääkehoidon aloituksesta. Jos silloin havaitaan uusia muutoksia, seuraava kuvantaminen tehdään 1-2 vuoden kuluttua. Huonoa hoitovastetta vaikuttaa kuvaavan se, jos 6-12 kuukauden kuluttua hoidon aloituksessa tehdyssä magneettikuvassa esiintyy uusia (yli 4) tai kasvavia T2-painotteisia tulehduspesäkkeitä. Huonosta hoitovasteesta kertoo myös gadoliniumilla tehostuvien muutosten esiintyminen seurannan aikana. Tällöin suositellaan hoidon tehostamista, vaikka pahenemisvaiheita ei olisi esiintynyt. Fingolimodihoidossa seurantakuvaukset tehdään 6-12 kuukauden kuluttua hoidon aloituksesta ja 1-2 vuoden kuluttua tämän jälkeen. Alemtutsumabi- ja natalitsumabihoidossa kuvaukset ajoitetaan vuoden ja kahden vuoden päähän hoidon aloituksesta.